Para leer se usa el inputstream para escribir el output stream. En este ejemplo que es muy corto daremos el código para que puedas leer y escribir este tipo de archivos.  No olvides valorar el post

//Leemos el archivo

Properties prop = new Properties();

try {

prop.load(new FileInputStream(“filename.properties”));

} catch (IOException e) {

}

//Escribimos el archivo .

try {

prop.store(new FileOutputStream(“filename.properties”), null);

} catch (IOException e) {

}